Kabupaten Sumenep sebagai home base FKIP Universitas Wiraraja merupakan daerah dengan letak geografis yang unik dan strategis. Secara geografis wilayah Kabupaten Sumenep terbagi atas dua yaitu : bagian daratan dengan luas :1.146,93 Km2 (54,79%) yang terbagi atas 18 kecamatan dan satu pulau di Kecamatan Dungkek. Bagian kepulauan dengan luas : 946,53 Km2 (45,21%) yang meliputi 126 buah pulau, 48 pulau berpenghuni dan 78 pulau tidak berpenghuni. Dari keunikan letak dan kondisi geografis serta jumlah dan luas wilayah menjadi hal yang tidak mudah untuk mengembangkan Kabupaten Sumenep dari sektor pendidikan. Semangat untuk terus menegaskan FKIP Unija sebagai jawaban atas permasalahan pendidikan di Kabupaten Sumenep termasuk kepulauan, sangat diharapkan untuk menjadi pemantik bagi perkembangan dimensi kemasyarakatan termasuk kepulauan. Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) berdiri tahun 2012 berdasarkan SK 01/SK/R/AKM-19/UNIJA/I/2012.
Karakter masyarakat yang kuat dan berlandaskan kesatuan dalam keanekaragaman sangat diperlukan untuk menghadapi tantangan di MEA (Masyarakat Ekonomi ASEAN). Madura adalah bagian dari Bangsa Indonesia yang terbentuk dari keanekaragaman budaya, karakter, ciri fisik dan nonfisik yang memiliki keunikan masing-masing. Pembangunan pendidikan harus selalu mempertimbangkan ciri khas bangsa yang memiliki keanekaragaman karakter tersebut. Hal ini menjadi faktor kekuatan untuk membangun daya saing di MEA. Selain unggul memanfaatkan teknologi informasi, memiliki jiwa Academic entrepreneur, dan memiliki sikap religius dan sosial berperan penting dalam menentukan skala global sebagai daya penggerak kehidupan manusia.
Era globalisasi dan perkembangan teknologi menuntut diselenggarakannya sistem pendidikan yang dapat mendukung masyarakat, utamanya masyarakat Madura, untuk dapat berperan serta secara aktif. Tanpa pendidikan dasar dan menengah yang mengarahkan kompetensi IPA dan teknologi maka kita hanya akan menjadi semakin terpuruk dan menjadikan generasi penerus kita sebagai generasi tertinggal. Sebagai upaya meningkatkan pengembangan ilmu pengetahuan alam pada tingkat sekolah menengah dan meningkatkan pengembangan pendidikan dasar pada tingkat sekolah dasar maka Universitas Wiraraja sejak tahun ajaran 2008-2009 membuka program studi pendidikan IPA dan tahun ajaran 2015-2016 membuka program studi Pendidikan Dasar.
Lulusan S1 Pendidikan IPA diharapkan memiliki kompetensi sebagai guru IPA yang berkualitas, di tingkat sekolah menengah. Selain itu lulusan S1 Pendidikan IPA juga diharuskan untuk turut aktif dalam kegiatan penelitian pendidikan dan pengkajian bidang-bidang dalam pendidikan IPA yang dipilihnya. Program Studi Pendidikan IPA Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) Unija saat ini telah mendapat akreditasi B oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Republik Indonesia. Lulusan S1 PGSD diharapkan menjadi guru SD yang mampu mengaplikasikan budaya Madura pada setiap kegiatan sebagai bentuk pengembangan dan pelestarian budaya Madura di dunia pendidikan.